BioVector? BW25113 Delta dpaA 大腸桿菌缺失菌株 / BioVector? BW25113 Delta dpaA E. coli Deletion Strain

通用定義 / General Definition:BioVector? BW25113 Delta dpaA 是基于大腸桿菌 Keio Collection 標準背景構建的基因敲除菌株。BW25113 是 $K-12$ 衍生的常用實驗室底盤，而 $dpaA$（又名 yccX）編碼一種D-氨基酸肽酶（D-aminoacyl-peptide hydrolase）。該酶在細菌細胞壁肽聚糖代謝、D-型氨基酸的回收利用以及細胞應激反應中發(fā)揮作用。敲除該基因后，菌株表現(xiàn)出對特定 D-型肽段降解能力的缺失，是研究細菌細胞壁合成、D-氨基酸生物學功能以及開發(fā)新型抗菌靶點的理想模型。

BioVector? BW25113 $\Delta dpaA$ is a gene-knockout strain constructed on the standardized Keio Collection background. While BW25113 is a widely used $K-12$ derived laboratory chassis,$dpaA$ (also known as yccX) encodes a D-aminoacyl-peptide hydrolase. This enzyme plays a role in peptidoglycan metabolism, the recycling of D-amino acids, and cellular stress responses. The deletion of this gene results in a loss of the ability to degrade specific D-amino acid-containing peptides, making this strain an ideal model for studying cell wall synthesis, D-amino acid biology, and identifying novel antibacterial targets.

BioVector? BW25113 Delta dpaA技術說明書 (Technical Datasheet)

中文版說明書 (Chinese Datasheet)

1. 產(chǎn)品基本信息

• 產(chǎn)品名稱： BioVector? BW25113 $\Delta dpaA$ 缺失菌株

• 親本背景：E. coli K-12 BW25113

• 基因型：$\Delta dpaA::kan$（通常攜帶卡那霉素抗性基因用于篩選）。

• 代謝特征： D-氨基酸肽酶活性缺失；在某些特定應激條件下可能表現(xiàn)出細胞壁完整性改變。

2. 培養(yǎng)條件

• 培養(yǎng)基： BioVector? LB 培養(yǎng)基。

• 篩選抗生素： 卡那霉素 (Kanamycin, 50 $\mu$g/mL)。

• 培養(yǎng)溫度： 37 攝氏度。

• 培養(yǎng)環(huán)境： 好氧培養(yǎng)，搖床轉速 200-220 rpm。

• 保存： 20% 甘油菌液，-80 攝氏度長期保存。

3. 菌株應用

• 肽聚糖代謝研究： 探索 DpaA 在細胞壁重塑及周質(zhì)空間蛋白質(zhì)周轉中的具體作用。

• D-氨基酸功能分析： 研究細菌如何利用非標準氨基酸（NSAAs）調(diào)節(jié)生物膜形成或進入休眠狀態(tài)。

• 抗生素增效篩選： 評估 $dpaA$ 缺失是否會增強菌株對內(nèi)酰胺類或其他作用于細胞壁抗生素的敏感性。

4. 注意事項

• 抗性基因移除： 若需在同一菌株內(nèi)進行多基因敲除，可利用 pCP20 質(zhì)粒（含 Flp 重組酶）移除卡那霉素抗性標志（FRT 序列）。

• 表型驗證： 建議使用 PCR 引物（針對 $dpaA$ 內(nèi)部序列及側翼序列）驗證基因敲除的準確性。

English Datasheet

1. General Product Information

• Product Name: BioVector? BW25113 $\Delta dpaA$ Deletion Strain

• Parental Background:E. coli K-12 BW25113

• Genotype:$\Delta dpaA::kan$ (Typically carries a Kanamycin resistance cassette at the $dpaA$ locus).

• Metabolic Hallmark: Deficiency in D-aminoacyl-peptide hydrolase activity; potential alterations in cell wall stability under specific environmental stressors.

2. Culture Conditions

• Basal Media: BioVector? LB (Luria-Bertani) Broth/Agar.

• Selection Antibiotic: Kanamycin (50 $\mu$g/mL).

• Incubation Temperature: 37°C.

• Environment: Aerobic; shaking at 200-220 rpm for liquid cultures.

• Storage: 20% Glycerol stocks at -80°C.

3. Applications

• Peptidoglycan Metabolism: Investigating the role of DpaA in cell wall remodeling and the turnover of periplasmic proteins.

• D-Amino Acid Signaling: Exploring how bacteria utilize D-amino acids to regulate biofilm formation, cell shape, or stationary phase entry.

• Antibiotic Potentiation: Evaluating whether the loss of $dpaA$ sensitizes E. coli to $\beta$-lactams or other cell-wall-targeting antimicrobials.

4. Key Usage Notes

• Marker Removal: The Kanamycin cassette is flanked by FRT sites. If multiple deletions are required, the marker can be excised using a Flp recombinase-expressing plasmid (e.g., pCP20).

• Genotypic Confirmation: BioVector? recommends verifying the deletion via colony PCR using primers flanking the $dpaA$ locus to ensure the integrity of the genomic modification.

注意 / Note: BW25113 $\Delta dpaA$ 菌株在常規(guī) LB 培養(yǎng)基中生長良好。由于該基因涉及 D-氨基酸代謝，在進行涉及極低濃度 D-型氨基酸的營養(yǎng)缺陷實驗時，建議使用 M9 最小培養(yǎng)基進行精確控制。

The BW25113 $\Delta dpaA$ strain exhibits robust growth in standard LB media. Since this gene is involved in D-amino acid metabolism, BioVector? suggests using M9 Minimal Media for experiments requiring precise control over the concentration of non-standard amino acids.

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